Suite à la fuite d'une canalisation rouillée de la raffinerie de Donges-Est lors du chargement d'un navire, près de 500 tonnes de fioul ont été déversés, le 16 Mars 2008, dans l'estuaire de la Loire. Cet accident a entrainé des dommages importants, notamment, la destruction des espaces classés au titre de Natura 2000 (vasières, roselières…).

L'estuaire de la Loire constitue, en vertu de la directive oiseaux, une Zone de Protection Spéciale qui abrite la colonie du râle des genêts. Au vu de l'importante atteinte que le milieu est susceptible de subir, il va de soi que la responsabilité de l'entreprise doit intégrer la prise en compte du dommage écologique.

Cette pollution qualifiée de « grave » par M.Borloo, Ministre en charge de l'écologie, a souillé un important patrimoine écologique. 3 mois et demi ont été nécessaires pour nettoyer 90 Km de côtes de l'estuaire et du littoral pollués par les 500 tonnes de fioul lourds. Il a fallu attendre près d'une semaine pour que le déversement soit réévalué de 100 tonnes. On remarque aussi à notre grande surprise qu'aucun oiseau mazouté n'aurait été retrouvé.

En avril 2008, le parquet de Saint-Nazaire a ouvert une information judiciaire pour "pollution" après que des communes et des associations écologiques aient annoncé qu'elles saisissaient la justice. La Région des Pays de La Loire et le Conseil Général de la Vendée ont aussi porté plainte. Surfrider Foundation Europe s'est alors constitué partie civile au côté de nombreuses associations environnementales afin de condamner et sanctionner cette nouvelle atteinte à l'environnement.

Novembre 2010, le parquet de Saint-Nazaire a réclamé le renvoi de la société Total en correctionnelle. Il appartient désormais à un juge d'instruction de prendre la décision finale, ce qui sera fait sans doute avant la fin de l'année. La partie civile entend faire appliquer la jurisprudence établie lors du procès du naufrage de l'Erika en 1999. La notion de préjudice écologique était alors apparue, elle donnerait le droit aux collectivités de demander réparation pour une atteinte à l'environnement, en plus du préjudice matériel et moral.

Au cours du procès qui s'est tenu les 3 et 4 octobre 2011, le Procureur de la République avait alors requis une amende de 300 000 euros ainsi qu'une contravention de 5 000 euros estimant que le risque avait été sous-estimé et que « Total n'avait jamais anticipé ce risque, qui était pourtant certain et déjà connu ». Total avait décliné tout manquement à ses obligations concernant la sécurité de la raffinerie, bien qu'un expert présent au procès ait noté certains dysfonctionnements récurrents.

Le Tribunal correctionnel de Saint-Nazaire a rendu son verdict, le 17 Janvier 2012, dans l'affaire de la Raffinerie de Donges, et a condamné la société Total Raffinage Marketing à une amende de 300 000 euros pour déversement de fioul-soute « dans les eaux souterraines superficielles ou de la mer » et pour rejet de cet hydrocarbure « nuisible pour le maintien  ou la consommation de la faune ou de la flore ».  Le 3^ème chef d'accusation «exploitation non conforme d'une installation classée autorisée » n'a en revanche pas été retenu.